Το αρχικό του έμβλημα ήταν ένα πέταλο κι ένα τετράφυλλο τριφύλλι, το οποίο όμως μετά την ένωση με την ΑΕΚ Θεσσαλονίκης άλλαξε, καθώς υιοθετήθηκε το έμβλημα της δεύτερης (Δικέφαλος αετός), έμβλημα που είχε ήδη και η ΑΕΚ της Αθήνας.
Ο αετός συμβολίζει την προέλευση του συλλόγου και την επάνοδο της μνήμης στις ρίζες και την κληρονομιά των προσφύγων (Βυζάντιο και Κωνσταντινούπολη).
Αρκετά χρόνια αργότερα όμως το έμβλημα τροποποιήθηκε, καθώς τα φτερά του Αετού δεν εμφανίζονται ανοιχτά αλλά πένθιμα κλειστά, ούτε φέρει στέμμα, σπαθί και σφαίρα. Ο Αετός κρατούσε ένα σπαθί και μία κορώνα, με τα δύο κεφάλια να ατενίζουν την Ανατολή και τη Δύση. Η διαφορά του εμβλήματος από αυτό της ΑΕΚ – που είναι και το σύμβολο της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας – είναι πως του ΠΑΟΚ έχει τα φτερά του κλειστά, σε ένδειξη του μακροχρόνιου πένθους, λόγω του ξεριζωμού από την πατρίδα.
Τα χρώματα
Ο ΠΑΟΚ επέλεξε ως χρώματα του σωματείου το μαύρο και το λευκό, χρώματα που συμβολίζουν το μεν μαύρο το πένθος για την τραγική ιστορία των χαμένων πατρίδων, το δε λευκό την ελπίδα για ένα καλύτερο αύριο.
