Το σύστημα διεξαγωγής των πρωταθλημάτων Α1 χάντμπολ ανδρών και γυναικών, για την αγωνιστική περίοδο 2015-16, ενέκρινε το διοικητικό συμβούλιο της ΟΧΕ.
Στην Α1 ανδρών, η οποία μετονομάζεται σε Handball Premier, μετά την ολοκλήρωση της κανονικής περιόδου (22 αγωνιστικές), οι ομάδες χωρίζονται σε δύο γκρουπ (1-6 και 7-12), μεταφέροντας το ήμισυ των βαθμών που συγκέντρωσαν στην κανονική περίοδο. Η Β΄ φάση θα διεξαχθεί σε έναν γύρο, συνολικά δηλαδή ακόμη πέντε αγωνιστικές, και στη συνέχεια οι πρώτες δύο ομάδες του γκρουπ 1-6 προκρίνονται στον τελικό, όπου θα διεκδικήσουν στις δύο νίκες τον τίτλο, ενώ οι δύο τελευταίοι του γκρουπ 7-12 υποβιβάζονται στην Α2 κατηγορία.
Σε ό,τι αφορά την Α1 γυναικών, μετά την ολοκλήρωση της κανονικής περιόδου (14 αγωνιστικές) σχηματίζονται και εδώ δύο γκρουπ (1-4 και 5-8) με βαθμολογία εκκίνησης το ήμισυ των βαθμών της κανονικής περιόδου, με τις ομάδες όμως να παίζουν στη Β΄ φάση δύο γύρους, σύνολο δηλαδή έξι αγωνιστικές. Οι δύο πρώτοι του γκρουπ 1-4 θα αναμετρηθούν στους τελικούς (στις δύο νίκες), ενώ οι δύο τελευταίοι του γκρουπ 5-8 υποβιβάζονται. Επισημαίνεται ότι από την Α2 γυναικών θα ανέβουν του χρόνου τέσσερις ομάδες, αφού από την περίοδο 2016-17 η Α1 θα διεξάγεται και πάλι με τη συμμετοχή δέκα ομάδων.
Αξίζει να σημειωθεί επίσης ότι αλλάζει ο κανονισμός για τις ομάδες της Α1 που δεν δηλώνουν συμμετοχή στα πρωταθλήματα των αναπτυξιακών ηλικιών, καθώς η ποινή αφαίρεσης βαθμών μετατρέπεται σε πρόστιμο 500 ευρώ.
Η κλήρωση των πρωταθλήματων θα γίνει στις 15 Ιουλίου, η Handball Premier θα αρχίσει το Σαββατοκύριακο 29-30 Σεπτεμβρίου, ενώ η εκκίνηση της Α1 γυναικών προγραμματίζεται για τα μέσα Οκτωβρίου. Ορίστηκαν επίσης οι ημερομηνίες διεξαγωγής των φάιναλ-φορ του κυπέλλου, που θα είναι στις 13-14 Φεβρουαρίου 2016 για τις γυναίκες και στις 26-27 Φεβρουαρίου 2016 για τους άνδρες.
Αναφορικά με τη θεσπισθείσα από φέτος δεύτερη μεταγραφική περίοδο για Έλληνες παίκτες, αυτή ορίστηκε για το διάστημα 21/12/2015-11/1/2016 και αφορά αποκλειστικά αθλητές της ηλικιακής κατηγορίας ανδρών/γυναικών, οι οποίοι θα μπορούν να μετακινούνται σε άλλο σωματείο με ελεύθερη μεταγραφή, με υποσχετική ως το τέλος της σεζόν ή εφόσον έχουν αποδεσμευθεί από την προηγούμενη ομάδα τους ως τις 31 Ιουλίου. Για τους ξένους, τους κοινοτικούς και τους ομογενείς παίκτες, η περίοδος μεταγραφών ορίζεται από 1η Ιουλίου έως 15 Σεπτεμβρίου 2015 και από 1η έως 31 Ιανουαρίου 2016.