O ΠΑΟΚ θα αντιμετωπίσει στην Τιφλίδα της Γεωργίας την τοπική Ντιναμό στις 18 Αυγούστου και στις 25 θα παίξει για την πρόκριση μέσα στην Τούμπα.
Αν ο Δικέφαλο επιβεβαιώσει τον ρόλο του φαβορί, μια ημέρα μετά την αναμέτρηση στην Θεσσαλονίκη, στις 26 Αυγούστου θα διεξαχθεί η κλήρωση των ομίλων στο Μονακό.
48 ομάδες θα χωριστούν σε 12 ομίλους των τεσσάρων ομάδων. Οι αγώνες των ομίλων θα διεξαχθούν στις 15 και 29 Σεπτεμβρίου, στις 20 Οκτωβρίου, στις 3 Νοεμβρίου και η τελευταία αγωνιστική της φάσης των ομίλων στις 8 Δεκεμβρίου του 2016.
Στις 12 Δεκεμβρίου θα γίνει η κλήρωση της φάσης των 32 ενώ ο τελικός φέτος του Europa League στις 24 Μαίου του 2017 στην Σόλνα της Σουηδίας, στο Friends Arena.
