Ο Φερνάντο Βαρέλα ήρθε στον ΠΑΟΚ στις 23 Ιουλίου του 2016 έπειτα από σκληρές διαπραγματεύσεις του Λούμπος Μίχελ με την Στεάουα Βουκουρεστίου.
Η μεταγραφή παραλίγο να χαλάσει αρκετές φορές, ωστόσο τελικά ο κεντρικός αμυντικός από το Πράσινο Ακρωτήρι φόρεσε τη φανέλα με τον Δικέφαλο στο στήθος και έγινε ένα από τα σημαντικότερα μέλη της ενδεκάδας των “ασπρόμαυρων”.
Ο 29χρονος στόπερ δεν ξεκίνησε ιδανικά την σεζόν με τον ΠΑΟΚ, αφού χρειάστηκε χρόνο προσαρμογής στη νέα του ομάδα και στα νέα του δεδομένα, κάτι που είχε ως αποτέλεσμα να υποπέσει σε αρκετά λάθη που κάποιες φορές κόστισαν και κάποιες όχι.
Λίγο πριν το τέλος του πρώτου μισού της σεζόν ο Φερνάντο Βαρέλα βρήκε τον πραγματικό εαυτό και έκανε αρκετές πολύ καλές εμφανίσεις.
Δεν είναι τυχαίο πως ο διεθνής στόπερ είναι ο έκτος παίκτης του ΠΑΟΚ στην λίστα με τους ποδοσφαιριστές με τα με τα περισσότερα λεπτά συμμετοχής.
Η απουσία του Βαρέλα φάνηκε κυρίως στα Play Off, καθώς μετά τον τραυματισμό του στο πρώτο ματς του Δικεφάλου στο μίνι πρωτάθλημα κόντρα στην ΑΕΚ οι “ασπρόμαυροι” αντιμετώπισαν αρκετά αμυντικά προβλήματα, που άλλες φορές τα πλήρωσαν (με τον Παναθηναϊκό στην Τούμπα) και άλλες όχι (με τον Πανιώνιο στη Νέα Σμύρνη).
Ο Βαρέλα στα 3.260 λεπτά που αγωνίστηκε τη φετινή σεζόν κατόρθωσε να σκοράρει μία φορά, ενώ δέχθηκε μόλις 8 κίτρινες κάρτες, κάτι που είναι αξιοσημείωτο, αφού αγωνίζεται ως κεντρικός αμυντικός.
Ένα στοιχείο που ξεχωρίζει στα στατιστικά του είναι πως στα 21 από τα 28 ματς που ο ΠΑΟΚ κράτησε το μηδέν στα μετόπισθεν στο κέντρο της άμυνας αγωνιζόταν ο Φερνάντο Βαρέλα!
Ο 29χρονος αμυντικός μαζί με τον Ανχέλ Κρέσπο έκαναν ένα πολύ καλό αμυντικό δίδυμο με τον στόπερ από το Πράσινο Ακρωτήρι να καλύπτει με επιτυχία το κενό που άφησε η αποχώρηση του Μιγκέλ Βίτορ στο κέντρο της άμυνας.
