Μακρά είναι η λίστα των αναμετρήσεων του ΠΑΟΚ με τον Πανιώνιο, για το Κύπελλο Ελλάδος, αφού μόνο την τελευταία διετία ο Δικέφαλος αντιμετώπισε (και απέκλεισε) τους Νεοσμυρνιώτες, στον δρόμο προς την κατάκτηση του τροπαίου.
Συνολικά, οι δυο «μονομάχοι» έχουν τεθεί αντιμέτωποι 17 φορές στον θεσμό, με τους «ασπρόμαυρους» να έχουν το πάνω χέρι με εννέα νίκες, αντί τεσσάρων της αθηναϊκής ομάδας.
Ο ΠΑΟΚ μετράει συγκεντρωτικά επτά προκρίσεις, έναντι τριών του Πανιώνιου.
Αναλυτικά, όλα τα παιχνίδια των δυο ομάδων για το κύπελλο Ελλάδος:
1/5/55 Προημιτελικά Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 2-4
14/6/70 Προημιτελικά ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0
30/4/75 Προημιτελικά ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0
31/3/82 Προημιτελικά (1ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0
28/4/82 Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 2-1 (2ος αγώνας)
21/1/87 2ος γύρος (1ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 3-0
4/2/87 2ος γύρος (2ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0 (
1/2/89 Προημιτελικά (1ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 2-0
15/2/89 Προημιτελικά (2ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 3-0 στην παράταση
2/10/96 Φάση «32» (1ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 4-0
14/11/96 Φάση «32» (2ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 2-3
4/3/98 Ημιτελικά (1ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 1-0
18/3/98 Ημιτελικά (2ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-1
28/2/18 Προημιτελικά (1ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 1-3
17/4/18 Προημιτελικά (2ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 3-1
