Το τμήμα χάντμπολ του ΠΑΟΚ, είναι ένα ιδιαίτερο άθλημα, για τον κόσμο του Δικεφάλου, διότι υπάρχει ένα πολύ ισχυρό «δέσιμο» μεταξύ τους.
Το τμήμα χάντμπολ του ΠΑΟΚ ιδρύθηκε το 1999 και προέκυψε μετά από απορρόφηση του συλλόγου της Θεσσαλονίκης, τον Τρίτωνα. Το τμήμα ξεκίνησε την προσπάθεια αναρρίχησης του στην Α1, κάτι που πέτυχε για πρώτη φορά τη σεζόν 2000-01. Η πρώτη συμμετοχή του Δικεφάλου στο πρωτάθλημα της Α1, ήταν τη σεζόν 2001-02, όπου κατετάγη 7ος.
Το πρόσωπο που συνέδεσε το όνομά του με την πορεία της ομάδας, είναι αυτό του τωρινού προπονητή της ομάδας, Στέλιου Σεϊρεκίδη.
Με την πάροδο των χρόνων η ομάδα γινόταν ολοένα και πιο δυνατή, με αποτέλεσμα να φτάσει στην κατάκτηση δύο διαδοχικών πρωταθλημάτων Ελλάδας. Το 2008-09 κατέκτησε το Πρωτάθλημα Ελλάδας έχοντας αντίπαλο τον Πανελλήνιο στον τελευταίο αγώνα των play-off.
Το 2009-10 οι «ασπρόμαυροι» αναδείχθηκαν πρωταθλητές, για δεύτερη σερί χρονιά, επικρατώντας του Δούκα στον τελευταίο αγώνα των play-off.
Το 2010-11 ο ΠΑΟΚ έχασε το πρωτάθλημα από την ΑΕΚ αν και είχε το πλεονέκτημα έδρας στα play-off.
Το 2011-12 ο Δικέφαλος κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας στον τελικό με την ΑΕΚ με σκορ 26-24, στον τελικό που διεξήχθη στο «Δ. Τόφαλος» στην Πάτρα.
Την επόμενη χρονιά (2012-13) στον τελικό του κυπέλλου Ελλάδας αναμετρήθηκε και πάλι με την ΑΕΚ, σε τελικό που διεξήχθη στην Κέρκυρα, όμως δεν κατάφερε να κατακτήσει το τρόπαιο.
Το 2014-15 ξανακέρδισε το κύπελλο με αντίπαλο την ΑΕΚ, με 29-27 σε έναν επεισοδιακό τελικό που διεξήχθη στο PAOK Sports Arena, ενώ κατέκτησε και το Πρωτάθλημα με αντίπαλο τον Διομήδη Άργους, με 2-0 νίκες, έχοντας μειονέκτημα έδρας, κάνοντας έτσι το νταμπλ, το οποίο ήταν το δεύτερο συλλογικά, μέσα σε λίγες μέρες, μετά από αυτό του βόλεϊ.
Το 2016-17 κατέκτησε το κύπελλο στο final -4- που έγινε στη Λευκόβρυση Κοζάνης. Στον ημιτελικό νίκησε με μια συγκλονιστική ανατροπή στην παράταση, τον Φίλιππο Βέροιας με 26-25 (κανονική διάρκεια 21-21). Στον τελικό επικράτησε του Πανελληνίου με 25-23.
Αξιοσημείωτο στην πορεία των ετών, είναι το «δέσιμο» του οργανωμένου κυρίως κόσμου του ΠΑΟΚ με το τμήμα χάντμπολ. Χαρακτηριστική είναι η μαζική αγορά εισιτηρίων διαρκείας και η συνεχής παρουσία του κόσμου σε όλα τα γήπεδα. Το 2017-2018, ο κόσμος του Δικεφάλου ενίσχυσε την ομάδα στην προσπάθεια της για επάνοδο στους τίτλους, με 1.000 εισιτήρια διαρκείας, αριθμός αξιοσημείωτος για ένα ερασιτεχνικό άθλημα.
Την ίδια χρονιά, στον αγώνα της 2ης αγωνιστικής με τον Ολυμπιακό, για το πρωτάθλημα της Handball Premier, το παιχνίδι διεξήχθη παρουσία περίπου 3.000 οπαδών του, αριθμός που αποτελεί ρεκόρ παρακολούθησης αγώνα χάντμπολ στην Ελλάδα για παιχνίδι κανονικής διάρκειας πρωταθλήματος. Ο αγώνας έγινε στο Κλειστό Γυμναστήριο ΔΑΚ Ευόσμου, το οποίο ο ΠΑΟΚ χρησιμοποίησε ως έδρα του σε μερικούς αγώνες της σεζόν 2017-2018 (κυρίως τα ντέρμπι).
Η τρέχουσα σεζόν είναι επίσης αξιοσημείωτη, διότι ο Δικέφαλος μετά από χρόνια, άλλαξε «σπίτι» και από το κλειστό της Μίκρας, μεταφέρθηκε στη δυτική Θεσσαλονίκη και στο κλειστό γήπεδο της Νεάπολης.
Δείτε videos με ιστορικές στιγμές του τμήματος χάντμπολ:
Ο πρώτος τίτλος το 2009:
Το πρωτάθλημα του 2010:
Το πρώτο κύπελλο στην Πάτρα το 2012:
Το νταμπλ του 2015 με τα δύο τρόπαια να σηκώνονται στο Παλατάκι:
Το κύπελλο του 2017 στην Κοζάνη:
