ΑΕΚ και ΠΑΟΚ έχουν βρεθεί αντίπαλοι στο Κύπελλο 22 φορές και έχουν δώσει συνολικά τριάντα αγώνες. Έχουν παίξει 6 φορές αντίπαλοι σε τελικό και έχουν από τρεις κατακτήσεις. Η ΑΕΚ τους τρεις πρώτους, ο ΠΑΟΚ τους τρεις τελευταίους.
Στις επτά φορές που συναντήθηκαν σε ημιτελικά, ο ΠΑΟΚ έχει πέντε προκρίσεις και η ΑΕΚ δύο. Στις δύο περιπτώσεις που κληρώθηκαν στα προημιτελικά έχουν από μία πρόκριση και στις επτά φορές που έπαιξαν στη φάση των «16», ο ΠΑΟΚ κυριαρχεί με πέντε προκρίσεις.
Από το 2011, όταν η ΑΕΚ είχε αποκλείσει τον ΠΑΟΚ στην ημιτελική φάση, η ομάδα της Θεσσαλονίκης έχει κυριαρχήσει: κέρδισε τρεις τελικούς και έχει τρεις προκρίσεις σε βάρος της ΑΕΚ.
Συνολικά σε τελικούς: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-3
Συνολικές προκρίσεις: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 11-5
Όλες οι συναντήσεις τους:
1931-32, ημιτελικά (πέρασε η ΑΕΚ)
18.10.1931: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-1 (50′ Μούγκρας, 55′ Ηλιάσκος – 75′ Παπαϊορδανίδης)
1938-39, τελικός (νικήτρια η ΑΕΚ)
28.05.1939: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-1 (41′ Χατζησταυρίδης, 73′ Μανέτας-Λάππας – 33′ Ιωαννίδης-Αποστόλου)
1963-64, φάση “16” (πέρασε η ΑΕΚ)
24.05.1964: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 0-3 παράταση (96′ Νεστορίδης, 118′ Παπαϊωάννου, 120′ Πετρίδης)
1964-65, φάση “16” (πέρασε η ΑΕΚ)
18.04.1965: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 4-0 (35′, 67′ Νεστορίδης, 64′ Παπαγεωργίου, 89′ Παπαϊωάννου)
1970-71, ημιτελικά (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
26.05.1971: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-2 (42′, 60′ Ασλανίδης, 44′ Παρίδης – 27′ Νικολαΐδης, 48′ Παπαεμμανουήλ)
1973-74, φάση “16” (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
24.02.1974: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-1 (27′ Παρίδης, 51′ Ασλανίδης, 81′ Σαράφης – 39′ Νικολαΐδης)
1976-77, φάση “16” (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
09.02.1977: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 2-1 (21′ Γκουερίνο, 50′ Αποστολίδης – 44′ Παπαϊωάννου)
1977-78, τελικός (νικήτρια η ΑΕΚ)
04.06.1978: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-0 (56′ Μπάγεβιτς, 80′ Μαύρος)
1979-80, φάση “16” (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
20.02.1980: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-0 (9′ Γκουερίνο)
1980-81, ημιτελικά (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
03.06.1981: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-0 (38′ Κωστίκος)
10.06.1981: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-2 (52′ Δαμανάκης, 80′ Γεωργόπουλος)
1981-82, φάση “16” (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
03.02.1982: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 6-1 (8′ Κούδας, 26′ Ψαρράς, 52′, 74′ Δημόπουλος, 66′ Γκουερίνο, 69′ Σίγγας – 25′ Μαύρος)
24.02.1982: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-2 (60′ Νικολάου, 80′ Μαύρος – 30′, 53′ Δημόπουλος)
1982-83, τελικός (νικήτρια η ΑΕΚ)
29.06.1983: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-0 (27′ Μαύρος, 80′ Βλάχος)
1990-91, ημιτελικά (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
15.04.1992: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-0 (7′ Αλεξανδρής, 67′ Μανωλάς)
29.04.1992: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 3-0 παράταση (16′ Τζούρτζεβιτς, 57′ Αλεξίου, 104′ Αλεξίου)
2001-02, προημιτελικά (πέρασε η ΑΕΚ)
30.01.2002: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 2-1 (36′ Τσιάρτας, 61′ Μαλαδένης – 49′ Φρούσος)
06.02.2002: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 0-4 (
2002-03, ημιτελικά (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
23.04.2003: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-1 (40′ Γιασεμάκης)
07.05.2003: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-1 (88′ Οκκάς – 8′ Μαλαδένης)
2010-11, ημιτελικά (πέρασε η ΑΕΚ)
02.03.2011: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-0
16.03.2011: ΠΑΟ – ΑΕΚ 0-1 (48′ Δέλλας)
2011-12, φάση “16” (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
18.01.2012: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 2-0 (33′ Λίνο, 54′ Αθανασιάδης)
2016-17, τελικός (νικητής ο ΠΑΟΚ)
06.05.2017: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 2-1 (24′ Μπίσεσβαρ, 81′ Πέντρο Ενρίκε – 26′ Χριστοδουλόπουλος)
2017-18, τελικός (νικητής ο ΠΑΟΚ)
12.05.2018: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 2-0 (65′ Βιεϊρίνια, 88′ Πέλκας)
2018-19, τελικός (νικητής ο ΠΑΟΚ)
11.05.2019: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 1-0 (45′ Άκπομ)
2020-21, ημιτελικά (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
07.04.2021: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 0-1 (90′ Μουργκ)
29.04.2021: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 2-1 (84′ Κρμέντσικ, 88′ Ζίβκοβιτς – 69′ Γαλανόπουλος)
2021-22, προημιτελικά (πέρασε ο ΠΑΟΚ)
19.01.2022: ΠΑΟΚ – ΑΕΚ 0-0
09.02.2022: ΑΕΚ – ΠΑΟΚ 1-2 (83′ Αντρέ Σιμόες – 89′ Κούρτιτς, 90′ Μιτρίτσα)
