Ξεκίνησε το ποδόσφαιρο στην Ομόνοια Καλαμάτας, επαγγελματίας έγινε στον ΠΑΟΚ αλλά αγωνίστηκε για πρώτη φορά σε επαγγελματικό επίπεδο στην Καλλιθέα (Β΄εθνική) από την οποία το καλοκαίρι του 2000 πήρε μετεγγραφή για το Αιγάλεω.

Το καλοκαίρι του 2009 επέστρεψε στην ομάδα από όπου ξεκίνησε, τον ΠΑΟΚ

Τον Ιούλιο του 2013 υπέγραψε στην τουρκική Σανλιούρφασπορ, από την οποία αποχώρησε τον Δεκέμβριο του ίδιου χρόνου. Έναν μήνα αργότερα, τον Ιανουάριο του 2014, επέστρεψε στην Ελλάδα και ανακοινώθηκε η απόκτησή του από τον Ατρόμητο Αθηνών, στον οποίο υπέγραψε συμβόλαιο διάρκειας 1,5 έτους.

Ο λόγος για τον Γιώργος Φωτάκη που το καλοκαίρι του 2013 μετά από τέσσερις σεζόν στον ΠΑΟΚ άφησε τη Θεσσαλονίκη για την Τουρκία, αλλά εκεί δεν έμεινε για πολύ και πλέον αγωνίζεται στον Ατρόμητο. Ο Μεσσήνιος χαφ την Κυριακή επιστρέφει στην Τούμπα, αυτήν τη φορά ως αντίπαλος κάτι που είχε γίνει για τελευταία φορά στις 25/9/05 όταν φορούσε τη φανέλα του Αιγάλεω.

Ο Φωτάκης αγωνίστηκε για τέσσερις σεζόν με την ασπρόμαυρη φανέλα, μετρώντας 142 συμμετοχές σε Πρωτάθλημα, Κύπελλο και Ευρώπη, ενώ πανηγύρισε 12 γκολ. Ο πρώην παίκτης του ΠΑΟΚ έφυγε σαν φίλος από τη Θεσσαλονίκη, χωρίς να έχει δημιουργήσει κανένα πρόβλημα με την συμπεριφορά του ,είτε αγωνιστικό είτε εξωαγωνιστικό, και σίγουρα στον σημερινό αγώνα θα εισπράξει το χειροκρότημα των οπαδών του ΠΑΟΚ.